Emanuel Rauter studierte zunächst Physik an der Technischen Universität München. Als Doktorand des Max Planck Instituts für Physik, München, verbrachte er drei Jahre am Europäischen Kernforschungszentrum CERN in Genf und wurde 2009 über ein Thema der Hochenergiephysik zum Dr. rer. nat. promoviert (Teilchenphysik, Studie zur Top Quark Massenmessung mit LHC Daten am ATLAS Detektor). Danach arbeitete er einige Jahre in einem mittelständischen Medizintechnikunternehmen; seit nunmehr zwei Jahren bereitet er sich darauf vor, in vierter Generation die Nachfolge in der Führung des Unternehmens seiner Familie anzutreten. Parallel absolvierte er ein berufsbegleitendes Masterstudium an der Zeppelin Universität in Friedrichshafen. In dessen Rahmen beschäftigte er sich mit dem Thema Unternehmensethik, wobei ihn besonders das Thema Verantwortung in Bezug auf Unternehmen und Unternehmer interessierte.